首先，肝素是一种抗凝药物，它可以通过两种机制发挥作用：（1）抑制凝血因子的合成；（2）阻碍血小板凝聚。肝脏对于合成凝血因子和调节血液凝固都有影响，如果肝脏受损，那么这种能力也会降低，就很容易出现出血的症状。 虽然肝素是一个很好的抗凝药，但是它的副作用也是不可忽略的。
比较轻的副作用包括恶心、呕吐、腹泻、消化不良等，一般不需要特殊的治疗，在停止用药后症状就会慢慢的消失。如果副作用比较严重，患者可以先停药一段时间，待身体适应了药物的副作用之后，再小剂量的服用药物，同时加强患者的饮食护理，做到清淡饮食，多吃一些富含营养，易消化的食物，这样就能减少对身体的伤害。
需要特别注意的是，对于患有高血压、冠心病以及甲状腺功能亢进的患者来说，是不能服用该药物的，以免产生不良的反应。
扈惠寒优质答主肝素是动物体内一种正常存在的生理活性物质，人类本身也含有肝素，人体每日经胃肠道吸收的肝素约为10mg，来自肉类食物，如猪肠和猪肺等，人体淋巴系统和肥大细胞中也存在肝素。人类肝脏并不产生肝素，肝素主要在豚鼠和猪（商品来源）的肠黏膜肥大细胞中合成和储存。
通常人体内存在10g左右的肝素。人体内源性肝素并不直接发挥生理作用，而是通过与抗凝血酶III（AT-III）结合后，迅速灭活凝血因子Ⅱa及Xa，从而发挥抗凝作用。
总体来说，肝素的可耐受性和安全性都比较高，通常耐受剂量为每天每公斤体重30毫克到60毫克。严重过量可引起急性中毒，主要表现为消化道出血、血尿、视网膜或颅内出血。皮肤、黏膜如鼻、生殖泌尿道出血等也可见到。
对肝素产生过敏性休克者少见，多见药物性皮疹。有文献指出，注射用肝素钠制剂中可能存在致热源等异常毒性，因此在临床上可引起程度不同的发热反应和血小板减少症。其他还有白细胞减少、再生障碍性贫血、坏死性血管炎、肺纤维化等。
